Die Griechen erzählten ihren Kindern, Deukalion, der Anführer der Thessalier, sei ein Nachkomme der Götter gewesen. Solche Vorstellungen waren weit verbreitet, denn fast jede Region des Landes beanspruchte, ihr erster bedeutender Herrscher habe göttliche Abstammung gehabt. Während der Herrschaft Deukalions ereignete sich eine weitere große Flut – noch verheerender als die des Ogyges. Die Bewohner der betroffenen Gebiete flohen in großer Eile in die hohen Berge nördlich von Thessalien, wo Deukalion sie freundlich aufnahm.
Als das Wasser schließlich zurückging und die Gefahr vorüber war, folgten sie ihm wieder hinab in die Ebenen. Aus diesen Ereignissen entwickelte sich im Laufe der Zeit eine eindrucksvolle Überlieferung: Man erzählte, Deukalion und seine Frau Pyrrha seien die einzigen Überlebenden der Flut gewesen. Nachdem die Wasser gesunken waren, stiegen sie vom Berg herab und fanden den Tempel von Delphi unversehrt vor. Dort beteten sie zu ihren Göttern und baten um Rat.
Da vernahmen sie eine geheimnisvolle Stimme, die ihnen befahl, den Berg hinabzusteigen und „die Gebeine ihrer Mutter“ hinter sich zu werfen. Zunächst waren sie verwirrt und beunruhigt, doch Deukalion war überzeugt, dass eine göttliche Stimme nichts Böses verlangen könne. Er dachte über die Bedeutung der Worte nach und kam zu dem Schluss, dass mit der „Mutter“ die Erde gemeint sei – und ihre „Gebeine“ folglich die Steine.
So begannen Deukalion und Pyrrha, den Berg hinabzusteigen und Steine hinter sich zu werfen. Der Überlieferung nach entstand aus den von Deukalion geworfenen Steinen ein neues Geschlecht von Männern, während aus den Steinen Pyrrhas Frauen hervorgingen.
Bald, so erzählte man, wurde das Land von den Nachkommen dieser Menschen bevölkert. Viele von ihnen waren fest davon überzeugt, dass diese Geschichte wahr sei, und sahen sich selbst als Nachfahren dieses wundersamen Ursprungs.
Deukalion regierte dieses Volk bis zu seinem Tod. Danach folgten ihm seine beiden Söhne Amphiktyon und Hellen. Amphiktyon blieb in Thessalien. Als er erfuhr, dass ein fremdes Volk, die Thraker, über die Berge vordringen und sein Land bedrohen könnte, rief er die Anführer der verschiedenen Stämme zu einem Rat zusammen, um gemeinsam über eine Verteidigungsstrategie zu beraten.
Die Häuptlinge folgten seinem Ruf und trafen sich an einem Ort in Thessalien, wo die Berge so dicht an das Meer heranreichen, dass nur ein schmaler Durchgang bleibt. In diesem Engpass befinden sich heiße Quellen – daher der Name Thermopylen, das „heiße Tor“.
Zu Ehren Amphiktyons wurde diese Versammlung als Amphiktyonischer Rat bekannt. Nachdem die Anführer Maßnahmen zur Abwehr der Thraker beschlossen hatten, einigten sie sich darauf, künftig regelmäßig zusammenzukommen – entweder bei den Thermopylen oder im Tempel von Delphi –, um wichtige Angelegenheiten gemeinsam zu beraten.